În volumul V din seria Studii și documente cu privire la istoria Romînilor (București, 1903), în partea VI. Documente relative mai ales la Botoșani și împrejurimi, din colecția d-lui Al. Callimachi, la nr. 82, Nicolae Iorga trimite la un document care reconstituie „ridicarea” mănăstirii Agafton:
„Iași, 1-iŭ Octombre 7238 (1729). Grigore-Vodă Ghica lui «Agafton săhastrul», ce «aŭ mersu în codrul ce este pe locul domnescu la ocolul Botășenilor, și au curățat pădure, și s’au făcut mînăstioar[ă] cu chillii, și s’au pus pomeți pe lăngă chilii». Supărat de călugării de la mînăstirea Doamnei. Domnul scrie la Vornicii de Botoșani: chiamă «tărgoveți bătrîni de Bot[o]șani». I se dă și o «poeniță», «pe loc domnesc», lingă «săhăstria» lui” (p. 232).
O legendă, consemnată de autorii Marelui Dicționar Geografic al Romîniei, întregește istoria cu partea de mit: „Legenda spune ca sunt mai mult de 100 ani, cînd pe locul mănăstirei era pădure, un călugar, numit Agafton, de la foasta mănăstirea Doamnei, pogorîndu-se în pădure auzi di’ntr’un frasin un glas îngeresc, și întorcîndu-se la ai săi, spuse cele auzite. În urmă vre-o câți-va călugări au tăiat frasinul și arborii vecini și au clădit o bisericuță de lemn pe locul frasinului și cîte-va chilii împrejur” (Vol. I, București, 1898, p. 23).
În secolul XIX așezământul devine mănăstire de călugărițe. Legenda spune: „Călugării însă n’au putut sta mult timp aici, căci se zice că au fost alungați de Olăreasa din familia Pisoschi, care s’a călugărit și a adus în locul călugărilor, călugărițe de pe la mănăstirile vecine, iar ea a devenit stariță”. Documentul confirmă, în parte legenda: pe 14 iulie 1820, „Mitropolitul Veniamin face stareță la Agafton, de unde predecesoarea «s’au tras, din pricina slăbiciunii și a neputinții în care să află», pe aleasa maicilor de acolo, «shimonahie Magdalina Pisoțchi, care să află petrecînd viiață încuviințată, după încredințarea ce mi-au dat Prea-Cuv. Sa arhimandritul și igumen monastirii Coșula, chir Irinarh»” (N. Iorga, p. 261).
La sfârșitul secolului XIX, în mănăstire erau 3 preoți, 1 diacon, 124 de călugărițe (dintre ele, 53 știutoare de carte).
Printre călugărițe, trei dintre surorile Ralucăi, mătușile lui Eminescu, și o nepoată (respectiv, verișoară) – Xenia Velisar.
Un extras din statistica monahiilor aflate în Mănăstirea Agafton de la 1872, publicat de Gh. Ungureanu, precizează în privința lor:
„No. 44. Sofia Iurașc, monahie. Fără îndatorire; locul nașterii: Rușii lui Balș, Bucovina; vârsta: 49 ani; data intrării în m-re: 1840; părul: alb; ochii: căprui; nasul: gros; statura: mare; fața: smadă; semne: cu negel în obrazul drept.
No. 45. Olimpiada Iurașc, monahie, fără îndatorire; locul nașterii: Dumbrăveni, Botoșani; vârsta: 45 ani; data intrării în m-re: 1840; părul: sur; ochii: căprui; nasul: mare; statura: mare; fața: smadă; semne de fript la piciorul drept.
No. 47. Fevronia Iurașc, monahie; îndatorire: citeață; locul nașterii: moșia Cornii, Botoșani; vârsta: 60 ani; m-rea Agafton, Botoșani – 1840; data intrării în m-re: 1828; părul: alb; ochii: căprui; nasul: de mijloc; statura: mare; fața: albineață; semne nu are.
No. 48. Xenia Velisari, monahie; îndatorire: citeață; locul nașterii: Fundeni, ținut Bacău; vârsta: 40 de ani; data intrării în schit: 1862; părul: negru; nasul: rătund; statura: potrivită; fața: smolită; semne: cu alunele pe obraz” (Gh. Ungureanu, Eminescu în documente de familie. Ediție îngrijită de Gh. Ungureanu, București, Minerva, 1972, p. 287).
În Fondul Documentar Ipotești se păstrează fotografia Xeniei Velisar.
Ala Sainenco, Memorialul Ipotești