Ca instituție nou înființată, Memorialul Ipotești funcționează începând cu data de 15 iunie 1991, când, prin decizia nr. 237 din 21 iunie 1991 a Prefecturii Județului Botoșani, prin separare de Muzeul Județean, a căpătat personalitate juridică în subordinea Prefecturii. Inițiativa a aparținut Inspectoratului pentru Cultură Botoșani – referat nr. 255 din 14 mai 1991.
Memorialul Ipoteşti – Centrul Naţional de Studii „Mihai Eminescu”, instituție publică de interes național, cu personalitate juridică și cu denumirea actuală, s-a aflat, în perioada 1 aprilie 1992 – 24 octombrie 2003, în subordinea Ministerului Culturii, prin preluarea – pe bază de protocol – de la Prefectura Județului Botoșani (Hotărârea Guvernului României, datată cu 17 aprilie 1992, București, nr. 188).
Trecerii din subordinea Prefecturii în subordinea Ministerului Culturii i-au premers numeroase demersuri întreprinse de conducerea de atunci. În Fondul Documentar Ipotești se păstrează câteva adrese semnate de Petru Creția, director al Memorialului Ipotești – Centrul Național de Studii Mihai Eminescu începând cu data de 1 aprilie 1992, numit în funcție prin Ordinul nr. 73 din 10 aprilie 1992, și de Valentin Coșereanu, care i-a urmat în funcție. Textul este scris de Petru Creția:
„Către Comisia Culturală a Senatului
Camerei deputaților
Memorialul Eminescu din Ipotești, actualmente depinzînd de Inspectoratul pentru cultură al Prefecturii județului Botoșani, solicită prin prezenta ca, prin recomandarea dumneavoastră, Guvernul României să ia măsurile necesare pentru ca acest asezămînt să treacă în dependența directă, administrativă și bugetară, a Ministerului Culturii și să obțină rangul de Muzeu național, cum este cazul Muzeului literaturii române, al Muzeului Satului, al Muzeului de Artă și al altor cîteva.
Menționăm că Ministerul Culturii, în urma unui memoriu detaliat înaintat de noi, s-a arătat pe deplin de acord cu propunerea noastră, ale cărei motive nu pot fi decît evidente pentru comisia dumneavoastră.
Memorialul Eminescu din Ipotești este pe cale să-și extindă și să-și adâncească activitatea, aspirînd să devină atît un centru național de ilustrare sub toate aspectele a operei și vieții lui M. Eminescu, cît și un important centru de cercetări eminesciene.
Coordonator științific, Petru Creția
Director, Valentin Coșereanu”