În 1866, la Cernăuți, Eminescu își depunea „cărțile sub un scaun în grădina publică” și pleca spre casa părintească, la Ipotești. Era aceasta și despărțirea de prima lui bibliotecă. Despre soarta ei, istoria literară nu reține nimic.
Pe 15 iunie 1883, Eminescu își lăsa lada cu manuscrise la Simțion, care, în toamna lui 1884, o transfera, ajutat, probabil, de Chibici, în casa lui Maiorescu. De la Maiorescu, manuscrisele și biblioteca, în două tranșe – 25 ianuarie 1902 și 28 mai 1904 – ajungea în Fondul Academiei Române (a se vedea: P. Creția, Testamentul unui eminescolog, București, 2015, p. 189-190).
O altă parte din biblioteca lui Eminescu, în jur de 400 de volume, ajunsese în posesia fratelui poetului, Matei Eminescu. Pe 6 mai 1895, Matei Eminescu prezenta o ofertă de carte din biblioteca lui Eminescu Bibliotecii Fundației Universitare Carol I:
„Domnule Director!
Având dorința de a ceda Universității ce dirigeați biblioteca rămasă de la fratele meu, și anume acele uvrage care sunt complecte și-n bună stare, cu onoare vă aduc la cunoștință că am și început a alege pe categorii prezentându-vă pe lângă aceasta un Tablou în dublu care copprinde uvragele de Istorie, Geografie, Științe Naturale și Matematici și vă rog a dispoza ca după ce D-nu bibliotecar respectiv va șterge din ele pe acele pe care Universitatea le-ar avea deja să bine voiască a-mi înapoia dublicatul spre a trimite imediat pe acele ce nu le posedați. Iar cât pentru uvragele de Filosophie, Religie etc. în curând voi reveni cu-n alt tablou.
Bine voiți, vă rog, Domnule Director, a primi încredințarea distinsei mele stime.
Căpitan Matei Eminescu
Domniei Sale
Domnului G.D. Teodorescu, Director Universității Carol I, București” (reprodus după: C. Barbu, Lada cu manuscrisele și cărțile lui Eminescu, Craiova, 2012, p. 13).
Lista cărților prezentată de Matei Eminescu conținea 37 de titluri – 142 de volume.
Răspunsul la această ofertă, care se păstrează astăzi în Fondul Documentar Ipotești, era semnat de bibliotecarul de atunci, C. Rădulescu Motru:
„Stimate Domnule Eminescu,
Primim cu deosebită recunoștință donațiunea ce voiți a ne face cu uvragele din Biblioteca nemuritorului nostru poet și fratele Domniei Vostre: Mihail Eminescu. Studenți ce vor utiliza pe viitor cărțile dăruite ‘și vor aduce aminte negreșit de mărinimia Domniei Vostre și va fi pentru ei un îndemn, darul Domniei vostre de a păstra tot de una viu în sufletul lor cultul de admirație pentru cel ce nu mai este.
Din uvragiile ce se găsesc pe lista alăturată am șters pe cele ce le avem deja și pe care vă rugăm dar a nu ni le trimite.
Acceptăm cu multă bucurie de asemenea și lista de uvragele de filozofie etc. din biblioteca lui Mih. Eminescu.
Terminând, Ve rog încă odată a fi încredințat de adânca recunoștință și stimă, ce vom ști a vă păstra tot de una, pentru bunătatea ce arătați pentru Fundația Universitară.
Al Dumneavoastră devotat
- Rădulescu Motru
Bibliotecar
12/24 mai/95”
Biblioteca a reținut, din lista propusă de Matei Eminescu, 16 titluri – 52 de volume.