Pictura interioară, datând din epoca ştefaniană, se mai păstrează astăzi doar în parte, distrusă fiind de trecerea timpului, de intervenţiile nereuşite ale restauratorului sau de microclimatul nepotrivit din incinta bisericii, ce a favorizat apariţia şi dezvoltarea unei ciuperci care se hrăneşte chiar cu pictura originală. În urma unei intervenţii total nepotrivite, peretele despărţitor dintre pronaos şi naos a fost dărâmat, odată cu el fiind distrus şi tabloul votiv al ctitorului.
Cercetări arheologice recente au arătat că momentul construirii bisericii Sf. Nicolae, în 1496, a fost precedat de o locuire mai veche a aşezării, evidenţiată prin succesiunea a două realităţi arheologice care urmează una celeilalte. O primă concluzie, evidenţiată în urma săpăturilor arheologice dintre 2000-2001, este aceea că în zonă a existat o necropolă folosită în secolul al XV-lea, care nu putea aparţine decât unei aşezări cu vechime şi mai mare. Unul dintre mormintele de aici este al unui personaj important, poate un dregător domnesc, judecând după nasturii mari, filigranaţi, din aur masiv, descoperiţi acolo. Într-un alt mormânt, în palma mâinii drepte a decedatului s-a descoperit o monedă moldovenească epigrafă, emisiune Alexandru cel Bun.
Prezenţa necropolei indică şi altceva, în afară de vechimea mai mare a aşezării faţă de actul ctitoricesc al lui Ştefan cel Mare, anume existenţa unei alte biserici, contemporane, situată, putem presupune după exemple similare din secolele XV-XVII, în zona centrală, necropola fiind pe una dintre laturile acesteia.
O a doua etapă de utilizare a suprafeţei de teren, ce survine după încetarea folosirii necropolei, a fost evidenţiată prin descoperirea resturilor unui fost pavaj din piatră de râu, care a funcţionat anterior momentului ridicării bisericii Sf. Nicolae şi care s-a suprapus, în parte, peste unele din mormintele etapei anterioare. Abia după această etapă survine construcţia propriu-zisă a ctitoriei lui Ştefan cel Mare. Acest pavaj, care nu era o uliţă obişnuită, semnalează existenţa unei aşezări care presupunea un anumit standard de confort. De asemenea, pavajul indică o anumită regularitate a folosirii, dar şi o importanţă deosebită a punctelor sale terminus (de destinaţie), pe care noi cercetări arheologice poate că le vor identifica
Săpăturile arheologice confirmă, aşadar, faptul că aşezarea de la Popăuţi avea o vechime mai mare şi că aici ar fi putut exista o curte domnească mai veche, poate de la Alexandru cel Bun, şi o capelă a acestei curţi anterioare ctitoriei ştefaniene. Faptul că necropola de aici avea un caracter laic nu face decât să confirme ipoteza noastră, anume aceea că numele aşezării de la Popăuţi nu are nici o legătură cu substantivul popă, ci mai curând el provine din numele de persoană Pop, care arată originea transilvană a întemeietorului noii aşezări şi a celor care l-au urmat aici.
În plus, inventarul cel puţin al unuia dintre morminte, cel în care s-au descoperit cinci nasturi mari, din aur masiv, indică posibilitatea existenţei aici a unei curţi, probabil chiar cea domnească, anterioară domniei lui Ştefan cel Mare.
Prof. dr. Daniel Botezatu